5月24日，英国《自然》杂志正式发布名为《自然出版指数2011中国》的报告。中国科学技术大学在过去一年里共发表《自然》及其子刊论文17篇，出版指数8.58，由2010年的中国高校第二跃升至中国高校榜首，位列全球第76位、亚太排名第11位，是进入全球前一百名的仅有的2所中国高校之一。
2011年中国十大科研机构排名为：中国科学院、中国科学技术大学、北京大学、清华大学、香港科技大学、厦门大学、上海交通大学、香港大学、南京大学和深圳华大基因。
报告指出：“中国科学院遥遥领先，总共在《自然》系列期刊上发表了62篇论文。这个不难理解，因为中国科学院拥有超过100所研究所和接近50000名研究人员。在芸芸大学中，中国科学技术大学的科研实力最强。”负责撰写《自然出版指数2011中国》报告和身兼《自然中国》主编的张文浩博士说：“北大和清华是国家科研的两大巨头，中国科大虽然尚未获得和北大或清华一样的名气，但在发表高质量的科研论文方面，三方力量其实是不相上下。”
报告指出，“中国科学技术大学发表的学术论文主要集中在物理学领域。全部17篇论文中，物理学占15篇，生命科学占2篇。在量子物理、凝聚态物理方面，郭光灿、潘建伟和陈仙辉等是主要贡献者”。“如果中国科大在自然系列期刊上能将继续保持这一强劲势头，我们深信，它作为一个领先的研究机构将最终得到认可。”
《自然出版指数2011中国》同时公布了城市排名。在发表高质量的科研论文方面，2011年中国十大城市依次是北京、上海、合肥、香港、南京、武汉、厦门、杭州、深圳和西安。这十个科研城市在《自然》系列期刊上发表论文的总量约占全国86％，并拥有2011年20大科研机构中的19所。
报告指出，合肥从人口和国内生产总值上讲是一个二线城市，但从研究实力上讲则是一线城市。2010年，合肥是位于北京、上海、南京和香港之后的第五个高品质基础研究城市，现在它已经跃升至第三，超过南京和香港。中国科大是进入中国前20强的唯一一个合肥研究机构，它独立贡献了合肥产出自然系列论文的89%。